De nouveaux algorithmes qui permettent de mieux comprendre comment le microbiote intestinal répond à l'infection au fil du temps, c’est ce que proposent ces chercheurs de l'Hôpital Brigham and Women (BWH). Leurs travaux publiés dans la revue PLoS ONE, qui contribuent à documenter le rôle du microbiote sur la santé, vont contribuer à aider les cliniciens à détecter les premiers stades de l'inflammation ou le développement d'une maladie chronique de type MICI, en cas de troubles gastro-intestinaux.
Que subit notre écosystème de bactéries intestinales, ou microbiote en cas d'infection? Cette étude a reconstitué par modèles informatiques la manière dont l'infection et des bactéries étrangères peuvent affecter les bactéries qui vivent dans nos intestins. Le Pr Lynn Bry, du département recherche clinique et translationnelle métagénomique du BWH, auteur principal de l'étude, explique : « Notre intestin contient dix fois plus de cellules bactériennes qu'il n'y a de cellules humaines dans notre corps. Le comportement de cet écosystème bactérien complexe en cas d'attaque peut avoir un impact majeur sur notre santé ».
Des changements dynamiques en cas d'infection et d'inflammation : L'équipe est parvenue à développer de nouveaux algorithmes informatiques pour analyser les différents stades de l'infection causée ici par un agent pathogène, Citrobacter rodentium, qui provoque chez la souris une infection comparable à l'intoxication alimentaire chez l'homme. L'équipe a suivi, durant 2 mois, les concentrations de différentes bactéries dans plusieurs sites de l'intestin de l'animal. Elle élabore ainsi des modèles des changements dynamiques intervenant au sein des communautés complexes de bactéries dans l'intestin lors de l'infection et de l'inflammation.
Quelles observations ? Les chercheurs constatent de nombreuses perturbations dans les bactéries normales à différents sites de l'intestin au cours de l'infection et à partir de là, identifient des signatures microbiennes, en particulier dans le côlon avec l'évolution d'espèces du genre Mucispirillum, en diminution au début de l'infection avant l'apparition des symptômes ou de bactéries Clostridiales et Lactobacillales en augmentation à la fin de l'infection.
De nouvelles signatures microbiennes qui pourraient permettre la détection de maladies intestinales chroniques inflammatoires (MICI) dès les premiers stades de l'inflammation. Certaines de ces signatures pourraient être associées à d'autres maladies inflammatoires et infectieuses, précisent les auteurs.
PLOS ONE July 11, 2014 DOI: 10.1371/journal.pone.0095534 Dynamics of the Microbiota in Response to Host Infection (Visuel @ Bry Laboratory : « Cellules bactériennes de Citrobacter (brun rougeâtre) et flore commensale du côlon (barres noires)
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