Cette équipe de l’Université technique de Munich établit, dans la revue Nature Microbiology, le premier inventaire des bactéries de l'intestin des souris. Des travaux secondaires, penserez-vous, en regard des priorités de recherche sur la santé humaine ? Cependant quelle entreprise en santé humaine ne passe pas par l’étude chez l’animal ? En décryptant les rôles possibles du microbiote intestinal de la souris, et leur impact possible sur les résultats des études pré-cliniques, cette équipe contribue à la justesse de la recherche médicale.
On connaît le projet de l'INRA, MetaHIT, qui travaille à la compréhension du microbiote intestinal et de son métagénome et de ses effets sur la santé humaine. Les études se succèdent pour montrer que cette biomasse considérable de quelque 100.000 milliards de bactéries, de près d'un millier d'espèces qui vit en symbiose avec l'organisme humain est un régulateur majeur du risque de maladies, de notre vulnérabilité et de notre réponse immunitaire voire même de notre réponse aux traitements. S'il est donc essentiel de toujours mieux cerner ce rôle immense du microbiote intestinal chez l'Homme, il devient nécessaire alors de comprendre aussi le rôle du microbiote chez l'animal, utilisé comme modèle dans les études expérimentales in vivo. C'est la mission de cette équipe de scientifiques du Central Institute for Nutrition and Food Research (ZIEL) de l'Université technique de Munich, qui parvient ici à isoler, caractériser et archiver une centaine de souches, dont 15 taxons (ou espèces) jusqu'alors inconnus.
76 espèces bactériennes du microbiome de la souris identifiées et archivées : car, expliquent les chercheurs, mieux comprendre les interactions entre les bactéries intestinales et leur hôte passe généralement par des souris modèles. Et pourtant on ne connaît que très peu son microbiote intestinal. C'est un facteur très limitant pour la recherche, qui complique l'interprétation des données obtenues par les techniques moléculaires. L'équipe a donc analysé 1.500 cultures issues de microbiotes de souris, pu ainsi identifier 76 espèces différentes et rapprocher les 2 microbiomes types de la souris et de l'Homme.
Une première étape de décodage des communautés bactériennes de l'intestin chez les souris sous forme d'une base de données qui va être mise à la disposition des scientifiques du monde entier. Des données qui montrent également que si le microbiome intestinal de la souris présente un certain nombre de similitudes avec le microbiome humain, près de 20% des souches identifiées préfèrent coloniser l'intestin des souris.
De nouvelles bactéries, et des fonctions spécifiques : les chercheurs caractérisent avec ces nouvelles bactéries, des propriétés fonctionnelles importantes. Ainsi, la bactérie Flintibacter butyricum qui produit, à partir des sucres et des protéines, un acide gras à chaîne courte, le butyrate. Or le butyrate est un des principaux produits de la fermentation dans l'intestin et il a démontré des effets anti-inflammatoires et positifs contre les maladies métaboliques …
Nature Microbiology 08 August 2016 doi:10.1038/nmicrobiol.2016.131 The Mouse Intestinal Bacterial Collection (miBC) provides host-specific insight into cultured diversity and functional potential of the gut microbiota
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