Le microbiome intestinal fluctue au fil des saisons mais aussi tout au long de la journée, révèle cette étude d’une équipe de biologistes et gastroentérologues de l'Université de Californie, San Diego. Ces travaux, présentés à la Digestive Disease Week® (DDW) mettent en lumière cet équilibre en constante évolution des bactéries, qui composent, on l'oublie parfois, pratiquement la moitié du corps humain.
Le microbiome ou l’ensemble des bactéries qui vivent dans et sur le corps représente environ la moitié des cellules qui composent un être humain, et ses fluctuations au fil du temps pourraient avoir de vastes implications pour la médecine et la santé. En effet, cet équilibre fragile des microbes dans l'intestin humain varie de manière importante, du matin au soir et encore plus selon la saison, suivant de profondes fluctuations qui transforment complètement le microbiome de l'été à l'hiver.
L’auteur principal, le Dr Carolina Dantas Machado, chercheur à l'Université de Californie, San Diego relève que les variations observées dans des conditions telles que les allergies ou la grippe se produisent dans le contexte de microbiomes complètement différents. Les saisons affectent ainsi indirectement la santé et la maladie.
Un microbiome variable et dynamique, au-delà de ce qu’on imaginait…
L’étude a examiné les données de 20.000 échantillons de selles collectés dans le cadre du programme d’étude American Gut Project, le plus grand projet de recherche mondial sur le microbiome, mené dans le monde entier entre 2013 et 2019. En analysant l'heure, la date et le lieu de la collecte, les chercheurs observent que :
- près de 60 % des groupes de bactéries apparentés suivent un cycle distinct de 24 heures ;
- des fluctuations saisonnières sont également observées, plus prononcées chez certains types de bactéries ;
- par exemple, les bactéries Actinobacteriotae fluctuent au cours de la journée, avec des niveaux inférieurs dans les échantillons prélevés le matin et des niveaux beaucoup plus élevés vers la fin de la journée ;
- au cours de l’année, les protéobactéries chutent à des niveaux plus bas en hiver et augmentent régulièrement jusqu'à culminer en été ;
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l'alimentation et le sommeil semblent des facteurs importants dans les fluctuations bactériennes quotidiennes.
« Ainsi, l'environnement intestinal est radicalement différent en termes de disponibilité des nutriments, d’humidité et de pH en fonction des habitudes alimentaires et de sommeil », soulignent les chercheurs. La variation saisonnière est plus difficile à expliquer, mais les chercheurs suggèrent que la latitude et le climat ou la lumière et la température pourraient jouer un rôle clé.
Ces données sont importantes pour toutes les équipes de recherche qui travaillent sur le microbiote, dont le spectre des effets sur la santé s’élargit au fil du temps. De multiples maladies peuvent être affectées par des variations du microbiome, mais c’est aussi le cas de l’efficacité de nombreux médicaments.
Enfin, en ce qui concerne précisément les analyses de microbiote, l’heure et la saison de prélèvement pourraient être déterminantes dans les résultats obtenus…
Source: Digestive Disease Week® (DDW) Abstract 395 28 April, 2023 The human gut microbiome displays diurnal and seasonal rhythmic patterns
